物流管理信息系统的应用：1.内部办公功能：包含工作计划，通告管理，公文管理等功能。借助互联网的优势，为各地公司的沟通建立一条顺畅的平台，能够有效的提高公司的沟通（办事）效率,节省通讯成本.
2. 运输管理功能：包含托单管理、专线管理，到货管理，下线管理，跟踪管理，回单管理，异常管理、变更管理等功能。有效的理顺企业运作流程，规范管理，提高工作效率，提升服务质量。
a. 自动分拣功能：提高分拣效率，减少分拣的错误，提高货物的分发时效。有效的避免了错货，窜货的发生，节省了错货，窜货的损失成本（电话查询、人员劳动、再次运输成本等），同时避免了因错货，窜货引发的客户流失的隐形损失（客户不满意是企业最大的损失）。
b. 计划配载功能：减少了因人为的原因造成的货物积压，保证了客户的满意度。同时提高车辆满载率，提高单车利润。在运输（油费猛涨，车辆运价高）成本高居不下的情况下，有效提高满载率，可明显的为企业创造效益。
c. 能够支持网点的独立核算（或是物流联盟）的管理模式，有效的解决了各分公司的利益分割及独立核算的问题，同时还可以及时核算本公司的成本及利润情况，（相比于成本中心模式，成本及收益的显现方面更有优势）。
d. 有效的督促回单的及时回收，保证运费的及时回拢，为企业资金链提供了保障。
e. 可以实时监管到各分公司的异常情况，大大的提高了对异常情况的监管力度。异常管理到位能最大限度的降低经营风险
3. 大客户管理功能：包括大客户的档案管理，产品管理，合同运价管理，运输管理、大客户的结算管理，并且能够为这些大客户提供网上查询功能。有效的提高了企业大客户的管理力度，保证了企业大客户的满意度，为留住大客户提供了保障，保证企业长期的发展
4. 财务结算管理功能：包括：现金管理、客户（包括普通客户及VIP客户）的应收款结算、下线承运商的运费结算、货款管理、公司内部往来的结算等功能。可以随时掌控各地资金的流动情况，减少了资金管理漏洞。
a. 现金管理功能不但可以对业务部门交接的现金进行复核，同时还可以监控到各营业分点还有现金未上交，以便于及时督促这些经营分点，保证资金的及时回拢，避免现金积压在各营业分点所造成的风险。
b. 结算功能支持“跨月、分期”结算模式。灵活的结算模式，不但有效的提高企业的结算管理。同时保证结算人员能够一目了然的了解到每个客户所欠应收差额情况，便于财务人员及时督促欠款回收，保证资金的及时回拢。
c. 两地往来结算变更差异的自动统计，有效的提高两地分公司往来账款的对账及结算时效，减少了内部往来对账的难度。。
d. 货款管理功能还避免了因两地公司沟通失误造成的货款还没有及时收回就已经放款的风险，减少了资金管理漏洞。
5) 运营统计分析功能：包括：运输统计，利润统计，客户统计，车辆统计等统计报表。
a. 在手工进行统计时，要得到各分公司的统计数据至少是在两个月后，甚至更长时间。系统自动生成的报表，能够实时的把各地分公司的经营状态反馈出来，让企业可以提前预见问题，规避风险，分析企业的发展方向，帮助企业健康成长。
b. 可以帮助企业高层随时掌握企业的各种信息，提高管理透明度，及时发现各地工作中的不足，提出整改意见，督促执行。避免问题发生后被迫处理的被动局面
6. 查询功能：包括内部的公共查询及客户的网上查询（普通客户网上查询、VIP客户网上查询）功能。
a. 内部的公共查询可以实时的把各环节的运输状态实时的反馈给公司的每一位员工，能够让他们及时的回复客户的电话查询。不但减轻了员工的工作压力，提高了客户满意度。同时还大大的降低了查询时发生的通讯成本。
b. 网上查询功能可以让客户自主的在网上查询到他们所发货物的情况。提高了企业的对外形象，提升了客户的满意度。