怀疑柯南
TV版－－－
007 每月一份礼物威胁事件
柯南看到的小川食指前端有类似线状的痕迹，推断他是外科医生，让小兰联想到了新一（云霄飞车杀人事件），接着变密切地观察着柯南。
解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人。
096 走头无路的名侦探！连续两大杀人事件(特别篇)
柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。
解决方法是，当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
172～173复活的死亡讯息（看了很多答案，都没有人提到这一集啊）
当小兰和园子问柯南会不会滑冰时，柯南假装摔倒，小兰觉得很假；案发时，柯南听到园子的尖叫，很快地溜向了案发地点，看着柯南溜冰的模样，兰再次产生了疑惑。
柯南并不知道兰开始怀疑他就是新一，因此也就没有什么所谓的解决方法。
03：30～04：00 11：35～11：44
有两个兰的特写镜头，细细品品味，你就明白了
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
至于这个6集的危命的复活系列，个人认为兰已经在心中确认柯南就是新一，否则怎么一开始当毛利大叔建议兰和柯南一块洗澡，兰出现的一个惊慌失措？害羞？的特写镜头呢（以前一块洗的时候怎么没见过她有这种表情），及后来的兰毫不犹豫地为柯南献血事件呢？（这应该就是因为《复活的死亡讯息》中的疑惑所导致的结果吧）
解决方法是，哀给柯南制了临时解药，让他暂时变回新一，而自己用口罩型变声器变成柯南。
398～399奇妙一家的委托
400心存疑惑的兰
兰发短信给新一，但柯南的手机却在这适合想了起来，看着柯南一系列慌张的表情，兰再次怀疑柯南就是新一。
解决方法是，在之前柯南就把博士和自己一样的手机借来把手机链换了，让兰研究博士的手机，然后再用自己的手机打给兰，解决了兰的疑惑。
剧场版
第3部《世纪末的魔术师》
因为柯南说了自己的生日在5月4日，让兰联想到了新一，柯南在洞中救兰时，兰又感觉到了新一,所以怀疑他是新一。
解决方法是，当小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。（个人认为这时的基德很多事）
参考资料：
剧集中(黑暗组织)
001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
286 工藤新一纽约事件(事件篇)
287 工藤新一纽约事件(推理篇)
288 工藤新一纽约事件(解决篇)
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484黑色照片的行踪(前篇)
485黑色照片的行踪(后篇)
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
剧场版
2001 剧场版5：通往天国的倒数计时 (天国へのカウントダウン) 2001/04/11
2009剧场版13: 漆黑的追逐者(漆\の追迹者) 2009/04/18
漫画版
01/01 001 现代的福尔摩斯
01/02 002 变成小孩子的名侦探
12/04 114 突如其来的遭遇
12/05 115 炸弹的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 转学生
18/07 177 黑衣女郎
18/08 178 秘密组织成员・
18/09 179 伪装的少女
18/10 180 将死
19/01 181 为什么？
19/09 189 被狙击的球！
19/10 190 5万6千名人质
20/01 191 远方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的丧葬行列
24/09 240 不告而别
24/10 241 来自过去的子弹
24/11 242 白色世界
29/03 287 看不见的恐怖
29/04 288 危险讯号
29/05 289 光天化日下的埋
34/11 350 金苹果（1）
35/01 351 金苹果（2）
35/02 352 金苹果（3）
35/03 353 金苹果（4）
35/04 354 金苹果（5）
37/05 377 黑暗的足迹（1）
37/06 378 黑暗的足迹（2）
37/07 379 黑暗的足迹（3）
37/08 380 白雪…黑影…
37/09 381 危险的相遇
37/10 382 顺风车
38/01 383 新兵器！
41/10 423 到访者留下的谜
41/11 424 小小密室的秘密
42/01 425 隐藏的真相
42/05 429 月圆之夜和黑宴
42/06 430 染血的幽灵船
42/07 431 隐形人出现
42/08 432 工藤新一登场
42/09 433 面具下的真相
42/10 434 腐坏的苹果
48/09 499 门铃怪客
48/10 500 新的黑衣组织成员
49/01 501 追踪目标！
49/02 502 新的指令！
49/03 503 黑衣组织vsFBI
49/04 504 黑衣组织vsFBI
53/07 550 目击者一人
53/08 551 钉子与蛇
53/09 552 锤子的真面目
53/10 553 不可思议的兼职
54/01 554 晚餐的菜单
54/02 555 梦中之星
最早一次，是出现在“每月一件礼物胁迫事件”中，露马脚的是当小兰对柯南说：“这么快就找到了，不愧是新一啊”而柯南答应了。解决方法是，柯南请阿莅博士用变声器模拟新一的声音给小兰打电话，柯南同时在小兰家里，使小兰认为柯南与新一是两个人；
第二次，应该是“走头无路的名侦探，连续两大杀人事件”里，露马脚的原因是柯南睡觉时被小兰摘掉了眼睛，使小兰感到眼熟，同时小兰找到了10年前与新一和一位魔术师的合影，使小兰坚信柯南就是新一，变小的原因是吃了博士发明的怪药。当小兰把柯南领到新一家门口逼他招供时，新一的妈妈(有希子)出现了，有希子帮柯南撒了谎，使小兰信以为真了。
第三次应该就是“危命的复活”系列中，当柯南受伤做手术需要输血时恰赶上医院血库里柯南血型的血用光了，小兰耗不犹豫地为柯南献血，而小兰知道她自己与新一是一个血型，这使得柯南感觉到小兰已看透他的真实身份，觉得瞒不下去了，正当柯南在平次的建议下打算把真相告诉小兰时，灰原告诉柯南这样会带来杀机，让他继续隐瞒。解决方法是，柯南吃了灰原参考白干成分开发的ATPX解药的实验品，变回新一，出现在小兰表演节目的舞台上，而灰原伪装成柯南，使新一、柯南同时出现在小兰面前，解除了小兰的疑惑。但实验品毕竟是实验品，还没等新一向小兰表白，他又变回了柯南
最近一次，是“小兰的疑惑”中，发现新一的手机与柯南的手机一样，当小兰试图解开这个问题时，柯南用早已录好的新一声音的磁带给小兰打去电话，同时，柯南出现在小兰面前。
剧场版中，每一弹都有小兰把柯南看成新一的时候，尤其是第三弹(世纪末的魔术师)，小兰对柯南的推理、动作、语言产生了极大的怀疑，最后，小兰哭着对柯南说，“你就是新一吧”，柯南一筹莫展正要招供时，基德伪装成新一(基德与新一本身就很像，因此不用大伪装)出现在小兰家里。基德之所以这样做，是为了报答柯南救鸽子之恩。
总之，故事中时刻都存在小兰的疑惑，故事的趋势就是小兰一直坚信柯南就是新一，但她想让柯南亲口告诉她而没有直接对柯南说。柯南逃脱的把戏，也只不过是变声器、电话、白干、伪装而已。
007 每月一件礼物威胁事件
【这孩子的思维和行动方式太像大人了……】
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件
【长得太像了，柯南和小时候的新一太像了】
188 危命的复活 洞窟中的侦探团
189 危命的复活 负伤的名侦探
190 危命的复活 第三种选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
【小兰怀疑柯南了，而且知道他的血型；在灰原帮助下柯南再次变回了新一】
398 奇妙一家的委托(前篇)
399 奇妙一家的委托(后篇)
400 心存疑惑的兰
【小兰给新一发邮件，柯南的手机却响了起来……】
剧场版3 世纪末的魔术师
【小兰含泪：“柯南和新一不是同一个人吧？对不对？”】
我记得小哀与柯南碰到过黑衣组织
第185集 名侦探遇害记1
小五郎和兰和柯南住进了建在山里的山庄。在那里住宿的客人中有“城市猎人”节目的演员砂冈和工作人员。小五郎和大家一起去烧烤，不久听到了枪声，砂冈被杀害了
第186集 名侦探遇害记2
砂冈被枪杀了，来福枪在山里被发现所以认为是外部的人干的。但是有疑点，明白山庄里的人物也可以杀人后，柯南明白了犯罪的手法。
第187集 黑暗中的神枪响
小五郎接受古川悦子的委托保护它的母亲。然后在古川家等待悦子回来的时候知道了家属和女佣之间发生了很多金钱上的纠纷。悦子回来后去母亲的房间叫母亲时从母亲的房间传来了枪声。
第188集 生死一瞬间-侦探队洞窟探险记
和阿笠博士去露营的少年侦探团们。柯南他们去拾柴，发现了一个山洞，进去一看碰到了正在搬运尸体的可疑男子。柯南被犯人的枪射中了。
第189集 生死一瞬间-负伤的名侦探
把重伤的柯南背在背上的侦探团们根据洞里的暗号开始寻找出口。好容易找了出口后，犯人追了出来被正好赶来的目暮警官们带走了。柯南被迅速送到了医院。小兰确信了柯南就是新一。
第190集 名侦探遇害记-第三个选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
第191集 名侦探遇害记-黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
第192集 生死一瞬间-新一回来了
变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
第193集 生死一瞬间-约会的地点
新一明白了在米花中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。
第230集 谜样的乘客1++++
GIN与VODKA在密谈，然后又来了VERMONT。博士与少年侦探团坐巴士汽车去滑雪旅行。途中站上又有其他客人和新出医生、朱蒂老师一同上车
第231集 谜样的乘客2
突然灰原开始颤抖……这时有个两个男人持枪劫持巴士。柯南等人遇到了巴士劫持，柯南发现到除了这两个男人之外还有一名同伙。劫持犯以为可以无事脱逃却不意启动了炸弹的起爆装置。灰原还在巴士中……
第232集
毛利和柯南受到上田的委托，调查威胁同事吉村的犯人。他们马上赶到公寓，看到吉村从公寓上坠落身亡。柯南从阳台所在的位置推出犯人。
第286集 工藤新一New York 事件1
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎洛比亚德的形象。
第287集 工藤新一New York 事件2
小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎洛比亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。
第288集 工藤新一New York 事件3
新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。
第309集 和黑暗组织的再会（交涉篇）
系统工程师板仓可能与黑色组织有关。柯南得到了他留在MO上的日记，到阿笠博士家的电脑上打开日记。日记中详细记载了板仓与黑色组织接触的经过。
第310集 和黑暗组织的再会（追击篇）
板仓屈从组织的胁迫，同意买给对方正在开发中的系统程式，并知道他为交付的日期所迫。柯南考虑冒充板仓氏参与交涉。
第311集 和黑暗组织的再会（决死篇）
柯南为了和黑色组织进行交涉搭了过路的顺风车匆忙赶向东京，但那辆车却是宝石强盗犯逃走乘坐的车辆。接近目的地时，柯南使用麻醉枪和新武器--足球射出腰带，将宝石强盗犯关在了车里。柯南拜托阿笠博士善后，独自一人走向了交易的现场。
第340集 WC隐藏的秘密1
柯南、哀和阿笠博士一起去儿时朋友出岛的家。但是出岛却被什么人给毒杀了。哀认为是黑暗组织干的而感到不安。柯南却予以否定。认为是出岛的设计事物所里工作的设计师所犯下的案件。
第341集 WC隐藏的秘密2
柯南、哀和阿笠博士一起去儿时朋友出岛的家。但是出岛却被什么人给毒杀了。哀认为是黑暗组织干的而感到不安。柯南却予以否定。认为是出岛的设计事物所里工作的设计师所犯下的案件。
第345集 与黑暗组织直面对决―满月之夜的二元推理
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机…
第400集 心存疑惑的兰
近期小兰越加怀疑柯南就是新一。柯南放在那里的手机被小兰给看到，她想从手机的邮件确认自己的怀疑。小兰在开机画面中发现手机被锁定了。正想解除密码暗号的时候，外面有汽车喇叭的相声，小兰看到那车的号码是46-49（yoroshiku），想起半年前与新一约会的事情…
第425集 被组织的魔掌触碰的瞬间
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理…
第462集 黑暗组织的影子 年幼的目击者
本堂瑛佑来到毛利侦探事务所。忽然，柯南注意到自己看过的漫画杂志上有关著名音乐家－板垣ROCK的报道。兰也想起了ROCK的歌迷园子所说的话。当时园子认为，ROCK出道不足1年便中途隐退、一定是有原因的。
不久，柱谷及其儿子阿巧来到了事务所。而且，阿巧竟然说他亲眼目睹了ROCK从桥上坠落……。
第463集 黑暗组织的影子 奇妙的照明
一听说是在堤无津川发现著名音乐家板垣ROCK的尸体的，柯南等人与目击者阿巧急忙赶往现场。可是，阿巧已经记不清是在杯户新桥、杯户中央桥、还是杯户大桥，因此众人难以展开搜查。
后来，阿巧说他记得那名男子的手臂上刻着印度时代的乐队的记号。于是，柯南等人立即前往ROCK的歌迷刺青的商店……。
第464集 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
早晨，小五郎、柯南、小兰、本堂瑛佑来到楼下的波洛咖啡馆。本堂说在一个个人主页的站长日记中，发现了一件类似福尔摩斯的小说《红发联盟》中的事件。日记上写着这是一件会有很高报酬的工作。
工作只是一件与垃圾回收有些关联的事情，但是每次可以得到5万日元的回报。柯南等人认为这项工作存在很多疑点，决定前往放置垃圾的场所一探究竟…。
第465集 黑暗组织的影子 珍珠的流星
在垃圾场附近发生了枪杀事件。受害者是住在附近的船本兼世。由于有贵重金属丢失，警方认为抢劫的目的很明确。但是，被害人的儿子透司说是由于母亲说出了交通事故的真相，所以被杀人灭口了。透司是水无怜奈那起交通事故的目击者。 但是，柯南用别的事情替换掉了不能让目暮等人了解的事故真相。此后，柯南等人离开事件现场，前往受害人兼世的家…。
第484集 黑色照片的行踪1
柯南从兰和园子的对话中得知，本堂瑛佑正在四处寻找水无怜奈。与此同时，平次找上了柯南。平次告诉柯南，他找到了认识小时候的本堂的人。那人正是通天阁附近的煎菜饼店的店长。
据店长透露，本堂的父亲带着年幼的儿子、时常来光顾的。而且，让平次更惊讶的是，本堂的父亲还常和身着黑衣的外国人来店里……。
第485集 黑色照片的行踪2
西郡的房间被人闯入了，照片也丢了。嫌疑犯可能是原女友早织，喜好制作模型的朋友多湖和古庄。3人均持有房间的钥匙。西郡向3人分别拨打电话，打听他们在干什么事情。早织说自己出来买东西，多湖在自己房间里制作着战车模型。古庄说自己由于感冒，卧床在家。西郡并没有从3人中发现可疑证词的人…。
第492集 红与黑的碰撞开始
柯南将取得了本堂瑛佑小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么…。
第493集 红与黑的碰撞血缘
柯南他们拿出了本堂的姐姐的照片，庵野说很像怜奈年轻时候的样子。庵野还特地确认了以前的录像带，录像带的内容是工厂爆炸事故的新闻报道。因为需要输血，护士在寻找AB型血的人，此时，怜奈出现在屏幕中，称自己是AB型血。于是，本堂说怜奈不是自己的姐姐。此时，柯南想起本堂曾经说过他的血可以输给任意其他人的事情...
第494集 红与黑的碰撞绝叫
奥平角藏委托小五郎调查1年前儿子锻吾不幸身亡的事件，他认为凶手就是家中的某个人。事件发生的当天晚上19点到24点，角藏和妻子咏子、佣人菊代、管家濑川一起在房间里观看录像带。就在这段时间里，儿子锻吾溺死在家中的池子里。死亡时间推定为晚上21点到22点。听了奥平角藏的叙述，小五郎认为凶手不可能是家里的人…。
第495集 红与黑的碰撞冥土
上吊致死的角藏的脚边，放着一本名为《来自黄泉的杀手》的书。封面上的“黄泉”两个字沾有大量血迹，而且还有用血写成的像是平假名“こ”的字。目暮警官等人认为这是死者留下的死亡讯息，于是推断凶手便是死者家中的某一人。就在警官一一确认众人的不在场证明时，柯南留意到了桌上角藏的便条本…。
第496集 红与黑的碰撞昏睡
柯南跟灰原说，本堂瑛佑的姐姐不是水无怜奈。回家后，柯南从兰那里得知，进入寒假后本堂就不见了。而寒假前，本堂曾经跟兰说过，在杯户中央医院找到了水无怜奈的线索。柯南认为本堂已经知道了水无怜奈住入的医院了。可是，本堂说的线索，是关于他父亲的，他似乎找到了他父亲公司里的同事…。
第497集 红与黑的碰撞侵入
杯户中央医院的护士告诉柯南，本堂瑛佑曾经在另一家医院做过大手术。本堂得的好像是白血病，在举家搬迁到大阪前，在医院里做了手术。之后，FBI的詹姆斯报告说，已经查出了3位嫌疑犯，可能是潜伏在医院的组织成员。这3个人分别是，右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道、急性腰痛的西矢忠吾。詹姆斯他们想尽办法找出真正的黑衣组织成员…。
第498集 红与黑的撞击搅乱 银色子弹的怒吼 赌上侦探之名的决意
几乎是在同时，医院附近发生了集体食物中毒、异味气体泄漏、火灾3件突发事件。那时，医院里又收到了寄给詹姆斯的快递。寄件人竟然是与黑衣组织相关的、已经自杀的楠田！包裹里是一个洋牡丹的盆栽植物。之后，3件突发事件中受伤的病人涌入医院，造成守在门口的FBI成员无法一一确认身份，一片混乱。此时，赤井发现了设置在盆栽中的炸弹…。
499红与黑的撞击 伪装
60多个伪装成看望病人的礼品的炸弹，被黑衣组织送进了杯户中央医院。FBI搜查官们不得不在各个病房中回收炸弹，这时，病房里的电视节目中出现了身着病服的水无怜奈的画面。大吃一惊的FBI搜查官们一同赶往了水无怜奈的病房，发现她好好地躺在病床上。原来，电视里播放的画面是用以前的图像合成的。黑衣组织通过炸弹上装的发信装置，确定了水无怜奈病房的位置。詹姆斯察觉到中了黑衣组织的计谋，决定实行最后一套方案…。
500红与黑的撞击 遗言
FBI兵分3路，企图将基尔（水无怜奈）带出医院。琴酒准确地判断出基尔（水无怜奈）在3号车上，并追踪而去。3号车的司机卡梅尔想要甩开组织的跟踪，撞上了路边的栏杆。水无怜奈突然出现在副驾驶座上，千钧一发之际，3号车突然爆炸了…！？
501 红与黑的撞击 嫌疑
柯南和元太、步美、光彦、阿笠博士、灰原一起去新米花宾馆吃自助餐。途中，柯南跟灰原说起了这次的事情。到达宾馆后，柯南他们发现高木刑警也开着巡逻警车来了。据说，在宾馆发生了杀人事件。被害人是位于宾馆39楼的艺人事务所所长，好像是秘书发现了上半身中了好几枪的所长…。
502 红与黑的撞击 洁白
恩斯，哈鲁?巴库那，FBI的CAMEL探员三人中的一人。随后，千叶刑警在屋顶的用具里雨衣、手套、手枪后，秘书伊莉娜也成了嫌疑犯中的一人。调查遗体后，柯南决定从似乎握着什么的右手着眼调查。随后发现桌子上的备忘录用纸和钢笔杆。而此时，GIN为了消除疑虑，向Kir传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
503红与黑的撞击 决死
须内的被杀事件，调查工作一度没有进展，随着时间的推移，嫌疑犯哈尔?巴库纳和秘书率先获得了自由，回到自己的工作岗位，托比对此无法理解。
之后，柯南发现了犯人拿走备忘录的原因，并跟目暮警官说自己知道了识别出犯人的办法。这个办法就是准备好4把椅子，然后念出一句咒语，犯人就会自动现身。
目暮警官让4位嫌疑犯集合在一个房间里，并让他们站在4把椅子前，对他们念出了那句咒语......
504红与黑的撞击 殉职
赤井秀一和基尔按照约定在来叶崖碰头。之后，基尔用手枪射穿了赤井的肺部。通过监控关注事态发展的琴酒对基尔下命令，要她彻底解决赤井秀一。基尔再次将枪对准了赤井的头部，并开枪射击。由于远处传来警车的鸣笛声，基尔在赤井的尸体旁放置了炸弹之后，便驾车离去。当警车就要靠近赤井的车的时候，炸弹爆炸了......
511 推理对决！新一VS冲矢昴
收到小兰发来的新的纸飞机的图像彩信，柯南认为画在纸飞机上的图形是手机信号的标记。冲矢也推理出放飞纸飞机的人是被关在无法收到电波信号的地点。此后，电视中报道了逃跑中的绑架犯跳海自杀的事情。而被绑架的造船公司经理去向不明。而冲矢也推理出了那名社长使用放飞纸飞机来迷惑犯人…。