1.摩天大楼爆炸案
某天，柯南在整理信件时，发现了一封寄给自己的信，原来是有名的建筑师――森谷帝二邀请新一去参加他举办的茶会。没办法以新一身分去参加的柯南，打电话要小兰等人代替他去，但小兰开出另一个条件，要新一和她在5月3日晚上十点一起去看电影。原来5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把这件事给忘了。在茶会上小兰和森谷帝二谈起要和新一约会的事。
到了5月3日当天下午，小兰便出门了。柯南在无可奈何之际，看见新闻说火药库的火药被窃，而且最近发生了许多纵火事件，似乎都出自同一人之手；而后这个犯人打电话给新一，声称手里有炸弹，要新一马上到堤向津川绿地公园，不然就会有人死。柯南用划板迅速赶往公园，发现侦探团的孩子正在玩一架来由不明的轰炸机。虽然柯南击毁了飞机，但还是发生了爆炸。
这时罪犯又来电话，说3点在米花车站广场会有炸弹爆炸，提示是在树下。柯南来到车站，发现原来炸弹是放在一个装猫的宠物篮内，因为日语树根和猫同音，但篮子被人拿走了。柯南好不容易才追到篮子，可只剩20秒了，这时记时器突然停了，但柯南刚把炸弹带走一会儿就又开始跳动。柯南将炸弹带离人群，但炸弹还是爆炸，他也受了伤，进了医院。
在医院里大家怀疑是新一的仇家干的，新一曾破的最有影响的案子是西多摩市的冈本市长开车撞人案，那个市长因为此案而下台，西多摩市的市政建设计划也因此而取消了……不久犯人又来电话，声称在东京都环状线上装了5颗炸弹，在下午4点后，行驶的列车速度不满60公里，或太阳下山了，那么就会爆炸，提示是炸弹在“XX之X”，而侦探团的孩子也在车上。柯南从太阳能想到，炸弹是在“铁轨之上”，但事后发现用去的炸药只是被偷的1/4。
白鸟警官发现几处被破坏的建筑都是森谷帝二30岁前设计的，大家来到森谷帝二家调查，柯南在他家的作品展览室发现了西多摩市的市镇建设计划模型……没多久柯南就使犯人露出了原形。看似结束的事件却尚未结束，犯人说他已把最大的炸弹放置在米花市政厅中了，而且……那不是小兰正处在的地方吗！此时离爆炸时间已所剩不多了……柯南尽全力来到大楼内，用电话联系小兰教她如何拆炸弹。最后，只剩下两条电线，到底应该剪哪条呢？是剪有小兰和新一的幸运色的那条？……此时是5月4日零点！
2.第十四个目标
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射伤而住院了，就在第二天，小兰的母亲―妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事务所里，紧接着阿笠博士也被歹徒用十字弓射伤，每一个凶案现场都分别留下了有关黑桃扑克牌上K、Q、J上的物品，三人的名字内都有13、12、11的数字，且被害者都与小五郎有关系。到底这张扑克牌代表着什么？难道是死亡……
根据线索，目暮警官推断犯人可能是……十年前，扑克牌赌场的经营人村上丈，被当警察的小五郎逮补。侦讯中，村上丈借口内急而挟持了来找小五郎的英妃理，企图逃走。枪法一流的小五郎第一枪掠过英妃理的腿部，然后再一枪击中村上丈，才结束了这场惊险的事件。之后小五郎引咎辞职了，妃英理也和小五郎分了居。这件事对小兰的打击非常大，她从此对父亲失去了信心。而村上丈在上个礼拜假释出狱了……
怪异的连续袭击事件是按照着扑克牌的顺序进行的，这一次出现的牌面是黑桃十。遭到犯人狙击的是小五郎打高尔夫的球友十弘树。柯南等搭乘十弘树所驾驶的直升机，弘树驾驶前必要点的维他命被人给掉包了，眼睛遇太阳刺眼得张不开，失去了视力，所幸柯南及时降落，逃过了一劫而黑桃十出现在迂弘树家中。凶手的杀机笼罩着所有和小五郎有关的众人……
为了名字里有九的旭胜义，大家随泽木公平来到了著名的海上娱乐中心乐乐广场。柯南发现了现场的人们名字中都含有「数字」。难道犯人把所有的猎物都一网打尽吗？在海底餐厅里，他们并没有发现嫌犯--村上丈的踪影，却发现了主人旭胜义留下的纸条。在酒室中泽木公平遭袭。当大家回到餐厅时，却发现了实业家旭胜义的尸体。
被困在大厅里的众人纷纷找寻出口，刹那间灯熄了！名模特儿小山内奈奈的手却发出了闪光，然后惨遭毒手，而在她的尸体旁边有一张黑桃七的扑克牌。此时巨大的爆炸声响起，犯人炸毁的餐厅。大家逃离了海底，正当柯南指正凶手时，凶手捉了小兰当人质，并要柯南将手枪丢给他，一切的景象就跟小五郎当年面对村上挟持妃英理做人质一样……
3.世纪末的魔术师
罗马王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗KID寄出「犯案预告信」准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了苏联大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。
看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而KID窃听到彩蛋被转移了。在疏于防备的情况下，KID 成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了KID的行动，看还是晚了一步。KID在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美小姐，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视耽耽的研究者决议要去此城探索，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和KID相同是被击中右眼。木暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。
到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商干被杀。而其它人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。
但专门狙击人右眼的神秘杀手「史考兵」也在人群之中……他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南(新一)的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，新一出现了……
4瞳孔中的暗杀者
一个雨天柯南刚和小兰打晚电话，在回家的路上遇到了步美他们。众人在马路旁看到一个很象刑警的人，可谁知刚走过马路，就看到这位刑警被人枪杀。大家都没看清杀手的样子，唯一了解的是，凶手是个左撇子。几天后，又一名刑警死在一幢大楼的停车场，手上握着一本警用手册。
几天后，在白鸟警官妹妹的订婚PARTY上，毛利一家人及众多警官纷纷到场，连刑事科局长也到了，PARTY上当毛利问起两起凶案时，白鸟对他说“Need not to know”――这是警界的隐语，意思是该案与警界人士有关。不久突然停电，在洗手间的小兰和佐藤，摸索间小兰发现并拿出了放在暗处的手电，枪声响起，佐藤中枪，小兰失去知觉。
众刑警立刻调查，可在大楼里没有一人身上发现有硝烟反应，而小兰却失忆了。终于木暮说出了原委，原来在一年前的一个凶案中，由于案件与刑事局长儿子有关而未有深查。此案被断为自杀，而被害者的妹妹及一名因此案牺牲的警官的儿子却一直对此事耿耿于怀。最近警方又派当时的几名警官重查此案，但调查的三个人却接连遭袭。
柯南记起当天在PARTY确实有几个可疑人物，并推测小兰可能看到了凶手的样子。不久失忆的小兰出了院。虽然警方已派人日夜保护，但小兰还是差点被火车撞到，多亏了柯南才捡回一命。为了保护小兰，柯南开始调查，在与几位当事人接触后，柯南发现了一连串线索，并揭开了无硝烟反应的开枪方法。
同时小兰记起曾经去过的热带乐园，为了不让柯南担心，小兰与小五郎等人偷偷的去了游乐园。在那里少年侦探团制服了一个可疑人物，但真正的凶犯还未出现。晚上，小兰遭到凶手的狙击，而此时柯南还在赶往游乐园的路上。不久两人相遇，在与凶手20分钟的周旋后，凶手终于在柯南的超强球鞋\及小兰的空手道的连击下被捕了，小兰恢复了记忆，佐藤警官也恢复了清醒。
5.通往天国的倒计时
柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。而且，令人不敢相信的是《黑暗组织》的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络……
而柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌――也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手―《黑色组织》展开一场史上最恐怖的攻防战……
6贝克街的亡灵
东京・米花市・米花市政大楼，这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏「茧」的发表会。结合了最先进技术的「茧」，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过计算机的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了「茧」。另一方面，「茧」的研发者兼负责人―坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称「诺亚方舟」的人工智能闯入「茧」的计算机系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：「在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。」开始了一场失控的游戏……
少数知道柯南身份，同时也是工藤新一的父亲，世界名推理作家―工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修「茧」游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。柯南一行人必须在「茧」所设定重现的19世纪伦敦贝克街，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！
7迷宫的十字路口
是樱花漫舞的时节，整个剧场版充满浓重的日本传统气息。在历史古都京都连续发生多次案件，而这些案件多数建筑于历史背景之上。隐藏于历史暗影中的谜团和陷阱、远远超出想象的事件向柯南和平次袭来！复杂交织的假相与埋在历史中的种种迷题，柯南点燃真相之光。棘手案件与推理、友情和恋情……还有柯南的身体终于……？！
在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害；与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团「源氏萤」的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将――源义经的故事《义经记》为名，首脑化名「义经」，部下则以「弁庆」为首，各自以家将姓名相称。
另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院――山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。柯南怀疑佛像是遭到窃盗集团「源氏萤」所窃，事件开始向的方向进展。然而在他到达义经、弁庆的传说流传的历史遗迹――最著名的京都五条大桥调查时，有个手持竹刀的男人突然来袭！
瞬间躲过袭击的柯南，看到那名男子后感到十分惊奇。那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探――服部平次，同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被杀事件的真相而到达京都，总是在较劲的柯南与平次，这次为了查出事件的真相，决定连手进行调查，但是，两人万万没想到，戴着面具的黑影男人居然就出现在他们面前！
在稠密的京都十字路口，隐藏于历史阴影的谜题及陷阱将袭击柯南一行人！难解的事件、细腻的推理、友情、爱情以及主要角色全员到齐！而柯南的身体终于……
8银翼的魔术师
演员牧树里所拥有的珠宝“命运的宝石”被锁定成为目标！预告函的署名是怪盗基德。但是，预告函为什么是送给工藤新一？基德会再次在柯南面前现身吗？惨剧的真相到底是什么？26个文字、滑道、怪盗基德，这一次的谜题是什么？关键又会是什么？
某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委。委内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指――“命运的宝石”。
于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前？在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一！？
柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中来是让基德逃脱了。
不过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱里，一幕精心设计的杀人剧码就在大家面前实际上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动？
9.水平线上的阴谋
除了故事本身的不同，第九部剧场版的制作相当出彩，由于故事的场景设定在一艘豪华游轮上，这就为画面的表现提供了很大的发挥空间，制作以后的效果也确实配得上这样的背景，甚至影片上映前就有宣传拿“铁达尼”来相比了，虽说有些夸大，但未尝不是一个方面。实际比较柯南历次剧场版以后，可以发现本片的场面还算是比较的恢宏夺目，理应属于九部剧场版之中的上乘之制作。可以说这是一部仿效好莱坞电影豪华场面的动画片，特别是结尾惊心动魄的场景设置，声画视听完全是一幅动作片的手法，那么不仅仅只局限于柯南迷们，所有喜欢动画片的观众，似乎都适合看一看这部电影。当然，对于柯南迷们而言，本片应该没有让他们失望，但是也没有什么新鲜的味道，只是华丽场面的增加而已。PS:毛利小五郎这次可是有勇有谋、文武双全。
15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。
时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人，开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。
镜头转到正在太平洋上航行的豪华客轮阿芙洛迪特号上，这是根据希腊神话中的代表美丽的爱神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，参加这首船的处女航。理所当然，这么受到瞩目的豪华客轮，参加处女航的都是些政界、社交界的绅士名媛。
然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了杀人案件。被害者正是这次处女航的主办人，八代客轮的社长八代贵江，她是半个月以前车祸身亡的八代英人的妻子，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失……
获悉此事的目暮警官带着一群警察上船来搜查，同时出动了东京海上保安厅的人对海上进行搜查，陆地上也有警视厅的人在八代英人出事的地点进行再搜查。与此同时，理所当然地我们的小主人公柯南也展开了他最擅长的推理。而这次包括乘客和船上工作人员，总共有600名嫌疑人。于是柯南、毛利小五郎以及警方分别展开了各自的调查，与此同时，犯人也正展开他巨大的阴谋。
为了不影响乘客的情绪，船上的晚宴仍然如期举办。在柯南的努力下，真相即将被揭发时却突然发生了重大意外――油轮的机房发生了大爆炸！犯人更在整艘油轮的主要机房内都安置了炸弹，整个船身不停摇晃，让船员和乘客都惊恐万分，全船600条人命，就悬于疯狂的犯人一念之间。
置身于无处可逃的大海上，引起了极大的恐慌和混乱，人们陷入了极度的不安中。更糟糕的是，这次连小兰也被卷入了危险里面――当然，本片的结果，依旧是正义战胜邪恶，柯南用他名侦探的推理救出了小兰，不过出人意料的是，这次掌握事件关键的，却是新一和小兰超越了时间的羁绊。
10侦探们的安魂曲
接受谜样男子的委托，小五郎和柯南一行人前往横滨。但是，却中了那名男子的圈套，兰和少年侦探团被扣为人质。男子限时12小时。该期间内若不能解开被委托的事件的真相，兰等人便会被炸弹炸成碎片。更令人吃惊的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新一！
“关西的高中生侦探”服部平次及怪盗KID也会登场！！
时间一分一秒的流逝。柯南等人能解开事件的关键、在规定时间内平安解救出兰等人吗！？谜一般的委托人、黑影的真正身份是……
11绀碧之棺
故事本身的舞台发生在浮于那深蓝色的太平洋上的美丽岛屿“神海岛”（こうみじま）之上。传说自古以来在那岛屿之下的深海里安眠着古代遗迹“海底宫殿”而故事则由两位18世纪真实存在过的女海盗“Anne Bonny”（1697～1720）“Mary Read”（1690～1721）在那里所藏的宝藏而起。我们把视线转回现在，前往神海岛度假的柯南一行人，在岛上遇到了一群怪怪的业余寻宝探险爱好者。按照有少年侦探的地方必会发生命案的定律，在潜水探索海底宫殿时，探险团中的一位成员突然被鲨鱼围攻葬身于这太平洋的神秘之地。为了查明事实的真相，柯南与灰原哀展开了调查，寻宝杀人案件以及海盗宝藏的传说成为剧情的明暗两线。
在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。 “神海岛”流传这两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”，它是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群，虽然研究者纷至沓来，但始终没有人能解开“海底宫殿”的秘密，另一个传说是300年前活跃在加勒比海的2名女海盗“安妮・邦尼”和“玛莉・雷德”遗留下来的财宝，据说她们乘坐的海盗船遭到英国海军的攻击时，只有她们2人勇敢的战斗。随着调查的深入，迷一般的文字“Jolly Roger”浮出水面，宝藏的秘密近在眼前。然后要接近真相总要经历磨难，柯南他们找到的一部分财宝被谜一样的宝物猎人抢走了，而宝藏猎人的魔手也伸向了兰和园子，他们的目的究竟是什么？隐藏在传说中的真相是什么？隐藏在海底宫殿中的秘密又是什么？超越300年的暗号，柯南一一解明。
12、战栗的乐谱
近日，发生了以音乐家为袭击目标的连续杀人事件，被害人均出身于原著名钢琴家领衔的一所音乐学院。柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。音乐会的亮点是巴赫弹奏过的管风琴和世界著名的斯特拉迪瓦里琴的音色，以及拥有绝对音感的天才歌手的歌声。 可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑的事件。 而在音乐会当天，柯南和女高音秋庭被袭,飘流在河流中,兰等人所在的音乐会场，突然发生了大爆炸。众人被包围在火海中，河中的柯南和秋庭唱出了准确的音调,顺利向警察求助,柯南等人在音乐会场外心急如焚,音乐会场内的所有人却因为音乐馆的隔音效果不知道任何危险的靠近…… 室外，23根柱子被炸！ 最后，进入了音乐会场的柯南找出了凶手，柯南和会场内的所有人命悬一线。千钧一发之际，灰原用元太的竖笛吹出：36664（MI LA LA LA FA），被柯南猜出是狙击（shoot)，佐藤从另一个地方开枪，凶手手中的遥控器掉落,被高木抓获。调音师说出了杀人的理由，和钢琴家解除了误会。 等小兰他们要走时，发现柯南不见了。喷泉处传来一阵小提琴的声音，小兰听出是新一在演奏，便追了过去。结果却看到柯南拿着小提琴，说新一已经走了。故事在美丽的乐曲与月光下的兰和柯南中结束。
摩天大楼爆炸案（1997）
主要内容：
某天，柯南在整理信件时，发现了一封寄给自己的信，原来是有名的建筑师――森谷帝二邀请新一去参加他举办的茶会。没办法以新一身分去参加的柯南，打电话要小兰等人代替他去，但小兰开出另一个条件，要新一和她在5月3日晚上十点一起去看电影。原来5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把这件事给忘了。在茶会上小兰和森谷帝二谈起要和新一约会的事。
到了5月3日当天下午，小兰便出门了。柯南在无可奈何之际，看见新闻说火药库的火药被窃，而且最近发生了许多纵火事件，似乎都出自同一人之手；而后这个犯人打电话给新一，声称手里有炸弹，要新一马上到堤向津川绿地公园，不然就会有人死。柯南用划板迅速赶往公园，发现侦探团的孩子正在玩一架来由不明的轰炸机。虽然柯南击毁了飞机，但还是发生了爆炸。
这时罪犯又来电话，说3点在米花车站广场会有炸弹爆炸，提示是在树下。柯南来到车站，发现原来炸弹是放在一个装猫的宠物篮内，因为日语树根和猫同音，但篮子被人拿走了。柯南好不容易才追到篮子，可只剩20秒了，这时记时器突然停了，但柯南刚把炸弹带走一会儿就又开始跳动。柯南将炸弹带离人群，但炸弹还是爆炸，他也受了伤，进了医院。
在医院里大家怀疑是新一的仇家干的，新一曾破的最有影响的案子是西多摩市的冈本市长开车撞人案，那个市长因为此案而下台，西多摩市的市政建设计划也因此而取消了……不久犯人又来电话，声称在东京都环状线上装了5颗炸弹，在下午4点后，行驶的列车速度不满60公里，或太阳下山了，那么就会爆炸，提示是炸弹在“XX之X”，而侦探团的孩子也在车上。柯南从太阳能想到，炸弹是在“铁轨之上”，但事后发现用去的炸药只是被偷的1/4。
白鸟警官发现几处被破坏的建筑都是森谷帝二30岁前设计的，大家来到森谷帝二家调查，柯南在他家的作品展览室发现了西多摩市的市镇建设计划模型……没多久柯南就使犯人露出了原形。看似结束的事件却尚未结束，犯人说他已把最大的炸弹放置在米花市政厅中了，而且……那不是小兰正处在的地方吗！此时离爆炸时间已所剩不多了……柯南尽全力来到大楼内，用电话联系小兰教她如何拆炸弹。最后，只剩下两条电线，到底应该剪哪条呢？是剪有小兰和新一的幸运色的那条？……此时是5月4日零点！
第十四个目标（1998）
主要内容：
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射伤而住院了，就在第二天，小兰的母亲―妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事务所里，紧接着阿笠博士也被歹徒用十字弓射伤，每一个凶案现场都分别留下了有关黑桃扑克牌上K、Q、J上的物品，三人的名字内都有13、12、11的数字，且被害者都与小五郎有关系。到底这张扑克牌代表着什么？难道是死亡……
根据线索，目暮警官推断犯人可能是……十年前，扑克牌赌场的经营人村上丈，被当警察的小五郎逮补。侦讯中，村上丈借口内急而挟持了来找小五郎的英妃理，企图逃走。枪法一流的小五郎第一枪掠过英妃理的腿部，然后再一枪击中村上丈，才结束了这场惊险的事件。之后小五郎引咎辞职了，妃英理也和小五郎分了居。这件事对小兰的打击非常大，她从此对父亲失去了信心。而村上丈在上个礼拜假释出狱了……
怪异的连续袭击事件是按照着扑克牌的顺序进行的，这一次出现的牌面是黑桃十。遭到犯人狙击的是小五郎打高尔夫的球友十弘树。柯南等搭乘十弘树所驾驶的直升机，弘树驾驶前必要点的维他命被人给掉包了，眼睛遇太阳刺眼得张不开，失去了视力，所幸柯南及时降落，逃过了一劫而黑桃十出现在迂弘树家中。凶手的杀机笼罩着所有和小五郎有关的众人……
为了名字里有九的旭胜义，大家随泽木公平来到了著名的海上娱乐中心乐乐广场。柯南发现了现场的人们名字中都含有「数字」。难道犯人把所有的猎物都一网打尽吗？在海底餐厅里，他们并没有发现嫌犯--村上丈的踪影，却发现了主人旭胜义留下的纸条。在酒室中泽木公平遭袭。当大家回到餐厅时，却发现了实业家旭胜义的尸体。
被困在大厅里的众人纷纷找寻出口，刹那间灯熄了！名模特儿小山内奈奈的手却发出了闪光，然后惨遭毒手，而在她的尸体旁边有一张黑桃七的扑克牌。此时巨大的爆炸声响起，犯人炸毁的餐厅。大家逃离了海底，正当柯南指正凶手时，凶手捉了小兰当人质，并要柯南将手枪丢给他，一切的景象就跟小五郎当年面对村上挟持妃英理做人质一样……
世纪末的魔术师（1999）
主要内容：
罗马王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗KID寄出「犯案预告信」准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了苏联大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。
看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而KID窃听到彩蛋被转移了。在疏于防备的情况下，KID 成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了KID的行动，看还是晚了一步。KID在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美小姐，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视耽耽的研究者决议要去此城探索，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和KID相同是被击中右眼。木暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。
到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商干被杀。而其它人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。
但专门狙击人右眼的神秘杀手「史考兵」也在人群之中……他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南(新一)的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，新一出现了……
瞳孔中的暗杀者（2000）
主要内容：
一个雨天柯南刚和小兰打晚电话，在回家的路上遇到了步美他们。众人在马路旁看到一个很象刑警的人，可谁知刚走过马路，就看到这位刑警被人枪杀。大家都没看清杀手的样子，唯一了解的是，凶手是个左撇子。几天后，又一名刑警死在一幢大楼的停车场，手上握着一本警用手册。
几天后，在白鸟警官妹妹的订婚PARTY上，毛利一家人及众多警官纷纷到场，连刑事科局长也到了，PARTY上当毛利问起两起凶案时，白鸟对他说“Need not to know”――这是警界的隐语，意思是该案与警界人士有关。不久突然停电，在洗手间的小兰和佐藤，摸索间小兰发现并拿出了放在暗处的手电，枪声响起，佐藤中枪，小兰失去知觉。
众刑警立刻调查，可在大楼里没有一人身上发现有硝烟反应，而小兰却失忆了。终于木暮说出了原委，原来在一年前的一个凶案中，由于案件与刑事局长儿子有关而未有深查。此案被断为自杀，而被害者的妹妹及一名因此案牺牲的警官的儿子却一直对此事耿耿于怀。最近警方又派当时的几名警官重查此案，但调查的三个人却接连遭袭。
柯南记起当天在PARTY确实有几个可疑人物，并推测小兰可能看到了凶手的样子。不久失忆的小兰出了院。虽然警方已派人日夜保护，但小兰还是差点被火车撞到，多亏了柯南才捡回一命。为了保护小兰，柯南开始调查，在与几位当事人接触后，柯南发现了一连串线索，并揭开了无硝烟反应的开枪方法。
同时小兰记起曾经去过的热带乐园，为了不让柯南担心，小兰与小五郎等人偷偷的去了游乐园。在那里少年侦探团制服了一个可疑人物，但真正的凶犯还未出现。晚上，小兰遭到凶手的狙击，而此时柯南还在赶往游乐园的路上。不久两人相遇，在与凶手20分钟的周旋后，凶手终于在柯南的超强球鞋\及小兰的空手道的连击下被捕了，小兰恢复了记忆，佐藤警官也恢复了清醒。
通往天国的倒计时（2001）
柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。
一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋长的一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士！不久之后第一个杀人事件发生了…。而且，令人不敢相信的是《黑暗组织》的成员竟然同时也在大楼附近出现，这让人不免联想到灰原哀自从那些日子以来，在深夜里究竟是在跟谁联络……
而柯南的真正身份会被那些家伙发现吗？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的劝说，双塔摩天大楼的开幕典礼仍按照预定进行。为了查出这场发生在总楼层高300公尺的高科技摩天大楼的杀人事件真相，柯南将与其宿敌――也就是当初逼迫工藤新一喝下毒药使他身体缩小的凶手―《黑色组织》展开一场史上最恐怖的攻防战……
贝克街的亡灵（2002）
东京・米花市・米花市政大楼，这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏「茧」的发表会。结合了最先进技术的「茧」，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过计算机的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了「茧」。另一方面，「茧」的研发者兼负责人―坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称「诺亚方舟」的人工智能闯入「茧」的计算机系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：「在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。」开始了一场失控的游戏……
少数知道柯南身份，同时也是工藤新一的父亲，世界名推理作家―工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修「茧」游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。柯南一行人必须在「茧」所设定重现的19世纪伦敦贝克街，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！
迷宫的十字路口（2003）
又是樱花漫舞的时节，整个剧场版充满浓重的日本传统气息。在历史古都京都连续发生多次案件，而这些案件多数建筑于历史背景之上。隐藏于历史暗影中的谜团和陷阱、远远超出想象的事件向柯南和平次袭来！复杂交织的假相与埋在历史中的种种迷题，柯南点燃真相之光。棘手案件与推理、友情和恋情……还有柯南的身体终于……？！
在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害；与此事件同时，大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团「源氏萤」的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将――源义经的故事《义经记》为名，首脑化名「义经」，部下则以「弁庆」为首，各自以家将姓名相称。
另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院――山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持委托他们解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙。柯南怀疑佛像是遭到窃盗集团「源氏萤」所窃，事件开始向的方向进展。然而在他到达义经、弁庆的传说流传的历史遗迹――最著名的京都五条大桥调查时，有个手持竹刀的男人突然来袭！
瞬间躲过袭击的柯南，看到那名男子后感到十分惊奇。那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探――服部平次，同时也是少数知道柯南就是工藤新一的人物之一。他也是为了追寻在大阪发生的窃盗集团成员被杀事件的真相而到达京都，总是在较劲的柯南与平次，这次为了查出事件的真相，决定连手进行调查，但是，两人万万没想到，戴着面具的黑影男人居然就出现在他们面前！
在稠密的京都十字路口，隐藏于历史阴影的谜题及陷阱将袭击柯南一行人！难解的事件、细腻的推理、友情、爱情以及主要角色全员到齐！而柯南的身体终于……
银翼的魔术师（2004）
演员牧树里所拥有的珠宝“命运的宝石”被锁定成为目标！预告函的署名是怪盗基德。但是，预告函为什么是送给工藤新一？基德会再次在柯南面前现身吗？惨剧的真相到底是什么？26个文字、滑道、怪盗基德，这一次的谜题是什么？关键又会是什么？
某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委。委内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指――“命运的宝石”。
于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前？在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一！？
柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中来是让基德逃脱了。
不过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱里，一幕精心设计的杀人剧码就在大家面前实际上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动？
水平线上的阴谋（2005）
除了故事本身的不同，第九部剧场版的制作相当出彩，由于故事的场景设定在一艘豪华游轮上，这就为画面的表现提供了很大的发挥空间，制作以后的效果也确实配得上这样的背景，甚至影片上映前就有宣传拿“铁达尼”来相比了，虽说有些夸大，但未尝不是一个方面。实际比较柯南历次剧场版以后，可以发现本片的场面还算是比较的恢宏夺目，理应属于九部剧场版之中的上乘之制作。可以说这是一部仿效好莱坞电影豪华场面的动画片，特别是结尾惊心动魄的场景设置，声画视听完全是一幅动作片的手法，那么不仅仅只局限于柯南迷们，所有喜欢动画片的观众，似乎都适合看一看这部电影。当然，对于柯南迷们而言，本片应该没有让他们失望，但是也没有什么新鲜的味道，只是华丽场面的增加而已。PS:毛利小五郎这次可是有勇有谋、文武双全。
15年前的一个雾色浓稠的夜晚，在北大西洋的海上一艘正在航行中的货轮“第一八代丸”，撞上了前方巨大冰川发生事故沉没。万幸的是船上大部分人都逃过这一劫难，只有船长和一名船上的高级干部不幸罹难身亡。
时间回到15年后的现在，地点是日本东京西多摩市的别墅密集区，八代财团旗下分属八代造成业的设计师八代英人，开车的时候心脏病突发，结果车子不幸掉下山崖造成车毁人亡。谁也没想到，时隔15年且分别发生在海洋和陆地上的两起事故，会是一项重大阴谋的开始。
镜头转到正在太平洋上航行的豪华客轮阿芙洛迪特号上，这是根据希腊神话中的代表美丽的爱神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小兰和毛利小五郎受到园子邀请，参加这首船的处女航。理所当然，这么受到瞩目的豪华客轮，参加处女航的都是些政界、社交界的绅士名媛。
然而没多久，船上出现了可疑分子，园子更遭到袭击被其监禁，幸运的是根据柯南的推理顺利找回了园子，正在众人欢欣鼓舞的时候，却发生了杀人案件。被害者正是这次处女航的主办人，八代客轮的社长八代贵江，她是半个月以前车祸身亡的八代英人的妻子，紧接着八代财团的董事长，贵江的父亲八代延太郎也从船上神秘消失……
获悉此事的目暮警官带着一群警察上船来搜查，同时出动了东京海上保安厅的人对海上进行搜查，陆地上也有警视厅的人在八代英人出事的地点进行再搜查。与此同时，理所当然地我们的小主人公柯南也展开了他最擅长的推理。而这次包括乘客和船上工作人员，总共有600名嫌疑人。于是柯南、毛利小五郎以及警方分别展开了各自的调查，与此同时，犯人也正展开他巨大的阴谋。
为了不影响乘客的情绪，船上的晚宴仍然如期举办。在柯南的努力下，真相即将被揭发时却突然发生了重大意外――油轮的机房发生了大爆炸！犯人更在整艘油轮的主要机房内都安置了炸弹，整个船身不停摇晃，让船员和乘客都惊恐万分，全船600条人命，就悬于疯狂的犯人一念之间。
置身于无处可逃的大海上，引起了极大的恐慌和混乱，人们陷入了极度的不安中。更糟糕的是，这次连小兰也被卷入了危险里面――当然，本片的结果，依旧是正义战胜邪恶，柯南用他名侦探的推理救出了小兰，不过出人意料的是，这次掌握事件关键的，却是新一和小兰超越了时间的羁绊。
侦探们的安魂曲（2006）
接受谜样男子的委托，小五郎和柯南一行人前往横滨。但是，却中了那名男子的圈套，兰和少年侦探团被扣为人质。男子限时12小时。该期间内若不能解开被委托的事件的真相，兰等人便会被炸弹炸成碎片。更令人吃惊的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新一！
“关西的高中生侦探”服部平次及怪盗KID也会登场！！
时间一分一秒的流逝。柯南等人能解开事件的关键、在规定时间内平安解救出兰等人吗！？谜一般的委托人、黑影的真正身份是……
集数 日文原名 英文译名 中文译名 片长 导演 编剧 公映时间 票房收入
1 时计じかけの摩天楼 The Time-bombed Skyscraper 引爆摩天楼 95分钟 儿玉兼嗣 古内一成 1997年4月19日 11亿日元
2 14番目の标的 The Fourteenth Target 第十四个目标 99分钟 儿玉兼嗣 古内一成 1998年4月18日 18.5亿日元
3 世纪末の魔术师 The Last Wizard of The Century 世纪末的魔术师 100分钟 儿玉兼嗣 古内一成 1999年4月17日 26亿日元
4 瞳の中の暗杀者 Captured In Her Eyes 瞳孔中的暗杀者 100分钟 儿玉兼嗣 古内一成 2000年4月22日 25亿日元
5 天国へのカウントダウン Count Down to Heaven 通往天国的倒计时 100分钟 儿玉兼嗣 古内一成 2001年4月21日 29亿日元
6 ベイカ`街の亡 The Phantom of Baker Street 贝克街的亡灵 107分钟 儿玉兼嗣 野泽尚 2002年4月20日 33.8亿日元
7 迷宫の十字路 Crossroad in the Ancient Capital 迷宫的十字路口 107分钟 儿玉兼嗣 古内一成 2003年4月19日 32亿日元
8 银翼の奇术师 Magician of the Silver Sky 银翼的魔术师 108分钟 山本泰一郎 古内一成 2004年4月17日 28.5亿日元
9 水平线上の阴谋 Strategy above the depths 水平线上的阴谋 105分钟 山本泰一郎 古内一成 2005年4月9日 21.5亿日元
10 探侦たちの镇魂歌 The Private Eyes' Requiem 侦探们的镇魂歌 111分钟 山本泰一郎 柏原宽司 2006年4月15日 30亿日元
11 绀碧の棺 Jolly Roger in the Deep Azure 绀碧之棺 107分钟 山本泰一郎 柏原宽司 2007年4月21日 25.3亿日元
12 槔酩S谱 Full Score of Fear 战栗的乐谱 115分钟 山本泰一郎 古内一成 2008年4月19日 24.2亿日元
13 漆\の追迹者 The Raven Chaser 漆黑的追踪者 110分钟 山本泰一郎 古内一成 2009年4月18日 35亿日元
14 天空の难破船 The Lost Ship in The Sky 天空的遇难船 102分钟 山本泰一郎 古内一成 2010年4月17日 31.9亿日元
15 沈aの15分 Quarter of Silence 沉默的十五分 (待证) 静野孔文(总监督：山本泰一郎) 古内一成 2011年4月16日 (待证)
引爆摩天楼
第十四个目标
世纪末的魔术师
瞳孔中的暗杀者
通往天国的倒计时
贝克街的亡灵
迷宫的十字路口
银翼的魔术师
水平线上的阴谋
侦探们的镇魂歌
绀碧之棺
战栗的乐谱
漆黑的追踪者
天空的遇难船
沉默的十五分
简介全都有！！
您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
内容介绍太多了，等下消息给你
引爆摩天楼
第十四个目标
世纪末的魔术师
瞳孔中的暗杀者
通往天国的倒计时
贝克街的亡灵
迷宫的十字路口
银翼的魔术师
水平线上的阴谋
侦探们的镇魂歌
绀碧之棺
战栗的乐谱
漆黑的追踪者
天空的遇难船
沉默的十五分